吴仲义教授已发表论文和论著百余篇，其中包括“Nature”、“Science”、“Cell”、“Nature Genetics”、“PNAS”、“Trends in Genetics”等，SCI影响因子10点以上论文30余篇，其论文被他人引证达2900余次。

其学术成果涉及了进化生物学、群体遗传学、分子进化以及进化基因组学等多个生命科学的研究领域，已对相应领域的研究产生了重要的影响。 参与课题： 2009年 中山大学《长江学者讲座教授实验室建设经费》150万； 2009年~2010年 农业部转基因专项《基于micro RNA干涉的转基因新技术的开发与应用》 350万； 2007年~2011年 国家重点基础研究发展计划项目《人工选择与基因组进化-人工选择下水稻复杂性状进化的基因组基础》 589万； 2008年~2011年 国家自然科学基金重点项目《海岸潮间带环境下红树植物的适应与基因组水平的物种形成机制》 170万； 2008年~2009年 中山大学有害生物控制与资源利用国家重点实验室重点资助课题《miRNA进化与生物抗逆机理研究》 90万 。 获奖情况： 1. Research Career Development Award, NIH (10\/90 - 9\/95) 2. Fellow, National Down Syndrome Society (6\/89 - 5\/91) 3. Distinguished Alumni Lectureship, Tunghai University, Taiwan (5\/02) ； 4. Academician, Academia Sinica, Taiwan, China (7\/04) ； 5. 美国促进会会士（2004） ； 6. 台湾中央研究院院士（2004）。