一种区分大白猪和中国地方猪品种的结构变异SV177及其检测技术

本发明公开了一种区分大白猪和中国地方猪品种的结构变异SV177，其特征在于：SV177位于猪参考基因组Sscrofa 10.2的chrX:100561156‑100562159，SV177缺失基因定为D，正常不缺失的基因定为A。应用本发明所述的检测技术，检测样品的SV177基因型，发现大白猪三个基因型都有并以不缺失的A基因为主，地方猪种则没有杂合的基因型(DA)而且以缺失的D基因为主，可应用结构变异SV177作为分子标记区分大白猪和中国地方猪品种。

1.一种区分大白猪和中国地方猪品种的分子标记SV177，其特征在于：分子标记SV177位于猪参考基因组Sscrofa 10.2的chrX: 100561156-100562159， SV177的两种等位基因设为A和D，三种基因型分别命名为AA、DA和DD型，其中AA为正常基因型、DD为纯合缺失的基因型、DA为杂合缺失的基因型，所述的地方猪品种为香猪、柯乐猪、江口萝卜猪和荣昌猪。
2.根据权利要求1所述的一种区分大白猪和中国地方猪品种的分子标记SV177，其特征在于：SV177的一组引物，所述的引物分别为：上游引物F1：5’- GTAGCAGATTCCCTCAG CATCC-3’，下游引物R1：5’- CGGCTCTGATTTATGGGCTTG -3’，目的序列分别为SEQ ID No.1和SEQID No.2，SEQ ID No.3为缺失区间序列。
3.如权利要求2所述的一种区分大白猪和中国地方猪品种的分子标记SV177的检测方法，其特征在于：包括以下步骤：（1）提取待测大白猪和地方猪品种的基因组DNA；（2）以5个待测猪品种的基因组DNA为模板，分别利用引物F1、R1，进行PCR检测，分析SV的基因型；（3）1.0%琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物，凝胶成像系统记录条带并判断基因型，应用SPSS v20.0中的卡方检验进行双侧检验，分析大白猪与地方猪品种的SV177的基因型分布频率；根据个体基因型和SV177的等位基因频率区分大白猪和中国地方猪品种；所述的地方猪品种为香猪、柯乐猪、江口萝卜猪和荣昌猪。
4.根据权利要求3所述的一种区分大白猪和中国地方猪品种的分子标记SV177的检测方法，其特征在于：步骤（2）中进行PCR所使用的扩增体系为20 μL，计为：2×Taq PCRMaster Mix 10 μL，10 μmol/L 引物F1、R1各 0.3 μL， ddH₂O 8.4 μL，10 ng/μL基因组DNA1 μL；进行PCR采用的反应条件：1）预变性：94.0℃ 5 min；2）扩增反应：变性：94.0℃ 30sec，退火：56℃ 30 sec，延伸：72.0℃ 45 sec，35个循环；72.0℃ 10 min，4℃保存。